La ciudad de San Javier se ubica al sur de la Provincia de Misiones, bordeada por Río Uruguay. Se encuentra a 69 kilómetros de Oberá y a 41 kilómetros de Leandro N. Alem.

Para llegar a San Javier desde la ciudad Capital de Posadas se debe tomar la Ruta Nacional Nº 12. Luego continuar por la Ruta Provincial Nº 103 para seguir por la Ruta Provincial Nº 4 que conduce al destino elegido luego de 124 kilómetros. Candelaria, Santa Ana y Leandro N. Alem son las localidades que este recorrido atraviesa.

Para arribar a San Javier desde el noreste de la Provincia de Misiones se debe tomar la Ruta Nacional Nº 14. Continuar hasta Leandro N. Alem y desde allí tomar la Ruta Provincial Nº 4 hacía el sur para conectar con la Ruta Provincial Nº 2 y llegar a destino. Esta ruta va dejando atrás a las localidades de Bernardo de Irigoyen, San Pedro, San Vicente, Dos de Mayo, Aristóbulo del Valle, Campo Grande, Oberáy Leandro N. Alem.

Desde el norte de la Provincia de Misiones, y acompañando el recorrido del Río Paraná, se llega a San Javier a través de la Ruta Nacional Nº 12. Luego continuar por la Ruta Provincial Nº 11, hasta la Ruta Nacional Nº 14. Continuar hasta Leandro N. Alem y desde allí tomar la Ruta Provincial Nº 4 hacía el sur para conectar con la Ruta Provincial Nº 2 y arribar al destino elegido. Puerto Iguazú, Libertad, Wanda, Puerto Esperanza, Victoria, Eldorado, Montecarlo, Caraguatay, El Alcázar, Dos de Mayo, Aristóbulo del Valle, Campo Grande, Oberá y Leandro N. Alem serán las ciudades que desplegarán sus encantos a lo largo de este camino.